Oddelenie všeobecnej a karanténnej diagnostiky kontroluje v rámci národného monitorovacieho programu a ďalšieho monitoringu karanténne choroby rastlín a škodcov, ktorí sa buď u nás zatiaľ nevyskytujú, alebo sa vyskytujú v obmedzenej miere, a je potrebné zabrániť ich rozširovaniu.

Sledovanie týchto organizmov vyplýva z európskej a národnej legislatívy a noriem Európskej a stredozemnej organizácie pre ochranu rastlín (EPPO). Sledujú sa najmä choroby a škodcovia rastlín, ktoré majú pre našu krajinu veľký ekonomický význam. Ide hlavne o poľnohospodárske plodiny a lesné dreviny. Zoznam monitorovaných škodlivých činiteľov sa každoročne rozširuje o nových patogénov.

Okrem monitorovaných druhov škodlivých organizmov sa v laboratóriách určujú aj bežne prítomné choroby a škodcovia rastlín, prípadne fyziologické poškodenie.