Huby sú jedno- alebo viac-bunkové organizmy, ktoré môžu byť symbiotické, parazitické aj saprofytické (rozkladače). Pri určitých podmienkach môžu aj saprofytické huby spôsobovať poškodenie rastlín. Huby sa rozširujú pomocou spór buď vzduchom, vodou, alebo prostredníctvom vektorov (hmyz, živočíchy). 

Hubové choroby sa prejavujú ako rôzne škvrnitosti, chrastavitosti, hrdze, snete, múčnatky, hniloby, živicové lézie, černanie, vädnutie rastlín, opad listov a ihličia, a mnohé iné príznaky. Dajú sa tiež pomýliť s fyziologickými poruchami, prípadne s inými patogénmi.

Ako ochrana proti hubám sa používajú rôzne fungicídne látky, pri niektorých však chemická ochrana nie je účinná, napadnuté rastliny sa musia zlikvidovať.

V súčasnosti sú monitorované nasledujúce huby:
Atropellis spp. (rakovina vetiev a kmeňa borovice)
Ceratocystis platani (tracheomykózne odumieranie platanov)
Diaporthe vaccinii (diaportová nekróza čučoriedok)
Diplocarpon mali (škvrnitosť listov jabloní)
Geosmithia morbida a vektor Pityophthorus juglandis (rakovinové ochorenie orecha)
Gibberella circinata (živicová rakovina borovice) (sleduje aj Národné lesnícke centrum)
Heterobasidion irregulare (sleduje len Národné lesnícke centrum)
Lecanosticta acicola (syn. Scirrhia acicola; Mycosphaerella dearnessii) a Dothistroma septosporum (syn. Scirrhia pini; Mycosphaerella pini) (sypavky na borovici)
Melampsora medusae (hnedospórka)
Synchytrium endobioticum (rakovinovec zemiakový)
Tilletia indica (mazľavka)

Hubám podobné organizmy patriace do ríše Chromista:
Phytophthora chrysanthemi (fytoftóra chryzantémová)
Phytophthora kernoviae (pleseň na drevinách)
Phytophthora ramorum (náhle odumieranie dubov)