Medzi škodcov poľnohospodárskych a lesných plodín patria článkonožce (hlavne trieda hmyz), nematódy (háďatká) a mäkkýše. Trieda hmyz pozostáva z obrovského počtu druhov a ich nebezpečenstvo spočíva aj v tom, že niektoré druhy sa dokážu preniesť na väčšie vzdialenosti. Hmyz môže tiež prenášať vírusy, baktérie, huby aj patogénne háďatká, ktoré následne poškodzujú rastlinu. Škodcovia svojim požerom alebo saním poškodzujú rastliny na rôznych miestach, od koreňov až po kvety a plody. Škody tiež spôsobujú v skladoch.

Prítomnosť škodcu sa prejavuje poškodeniami ako sú rôzne požerky, otvory v rastline, zavinovanie listov, tvorba hálok, pri drevinách rôzny podkôrny a drevokazný hmyz vytvára v dreve chodbičky. Háďatká spôsobujú vädnutie a odumieranie rastlín, zhrubnutie stonky, sekundárne prienik iných patogénov.

Na ochranu proti škodcom sa využívajú insekticídne prostriedky, ktoré však môžu ničiť aj užitočný hmyz, pokroky však dosahuje aj biologický boj. Drevený materiál sa tepelne ošetruje. Dôležitú úlohu v prevencii voči škodcom hrá správna agrotechnika a šľachtiteľstvo.

Mointorujú sa nasledujúci škodcovia, na monitoringu niektorých druhov sa podieľa aj Národné lesnícke centrum (NLC).

Hmyz
Agrilus anxius,  Agrilus aurogutatus, Agrilus planipennis (krasone)
Aromia bungii, Anoplophora chinensis a Anoplophora glabripennis (fúzače)
Dacus dorsalis (syn. Bactrocera dorsalis), Bactrocera invadens, Strauzia longipennis, Pterandrus rosa (syn. Ceratitis rosa), Rhagoletis fausta a Rhagoletis pomonella  (vrtivky)
Dendrolinus sibiricus (priadkovec), Thaumatotibia leucotreta (motýle)
Thrips palmi (strapka Palmiho), Thrips setosus (strapky)
Liriomyza huidobrensis, L. trifolii, L. bryoniae, L. sativae (mínerky)
Epitrix spp. (skočky)
Monochamus spp. (vrzúniky)
Pissodes spp. (smoliare)
Xylosandrus crassiusculus (drvinárik)
Scaphoideus titanus (cikáda)
Polygraphus proximus (lykokaz)
Anthonomus eugenii (kvetovka papriková)
Popillia japonica (chrústovec japonský)
Dryocosmus kuriphilus (hrčiarka gaštanová)
Drosophilla suzukii (drozofila japonská)
Tuta absoluta (psota rajčiaková)
Rhynchophorus ferrugineus (nosánik palmový)
Bemisia tabaci (molica tabaková)

Háďatká
Ditylenchus dipsaci (háďatko zhubné), Ditylenchus destructor, Aphelenchoides besseyi (háďatko ryžové), Radopholus similis, Bursaphelenchus xylophilus (háďatko borovicové), Globodera pallida a Globodera rostochiensis (háďatká zemiakové)

Mäkkýše                                                            
Pomacea spp. (sladkovodné ulitníky)