Baktérie sú jednobunkové organizmy, ktoré sa môžu vyskytovať v prostrediach s najrozličnejšími podmienkami. Majú schopnosť rýchleho rozmnožovania a rozmanitú biochemickú činnosť. Medzi rastlinami sú prenosné semenami a sadbou, hmyzom (napr. skočky) ale tiež vetrom a dažďom.

Symptómy chorôb rastlín vyvolané fytopatogénnymi baktériami sa môžu podobať symptómom, ktoré sú spôsobené inými parazitmi (vírusy, huby), ale tiež fyziologickým poruchám. Ide o tieto symptómy: rozpadajúce sa pletivá, upchatie cievnych zväzkov (vädnutie rastlín), bujnenie a abnormálny vývin.

Prevencia pred napadnutím rastliny baktériami je správna výživa, rezanie rastlín, sterilizácia používaného náradia, pestovanie odolných odrôd. Na potlačenie bakteriálnych chorôb sa môžu použiť rôzne prípravky.

Monitorované baktériové patogény:
Bakteriózy zemiakov: Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (baktériová krúžkovitosť zemiakov), Ralstonia solanacearum (hnedá hniloba zemiakov), Xylella fastidiosa, ktorá má veľký počet hostiteľských rastlín, Pseudomonas syringae pv. aesculi, Erwinia amylovora (spála jadrovín), Dickeya solani a Acidovorax citrulli.

V rámci oddelenia diagnostiky sa sledujú aj fytoplazmy. Sú to baktérie bez bunkovej steny, a sú prenášané bodavo-cicavým hmyzom (cikády), alebo vegetatívnym množením či štepením. Monitorované fytoplazmy: Apricot chlorotic leafroll phytoplasma (syn. European stone fruit phytoplasma - európska žltačka kôstkovín), a v rámci Národného monitorovacieho programu sa monitoruje cikáda Scaphoideus titanus, ktorá prenáša fytoplazmu zlaté žltnutie viniča.